倪元璐认为三案“经此二借”面目全非“故凡推慈归孝于先皇,正其颂德称功于义父”;换句话说,在阉党谈三案,东林是欺诬先皇、离间骨肉的罪人,而魏忠贤则是苦心调护宫廷、安定政局的功臣,于是打击东林乃为势所必然。但“网已密而犹疑有遗鳞,势已重而或忧成翻局”阉党为了使东林永世不得超生,于是“创立私编,标题要典”因为是奉旨所编的官文书,自具有法律上的作用,在当时,可据要典所认定的是非入东林于罪;在将来,万一有翻案的局面出现,则魏忠贤可恃钦定的要典为有力的证据,免去死罪。因此,倪元璐提出非常通达明快的结论和建议:

 三案者,天下之公议;要典者,魏氏之私书,三案自三案,要典自要典也。今为金石不刊之论者,诚未深思。臣谓翻即纷嚣,改亦多事,唯有毁之而已。

 思宗接纳了倪元璐的建议,降旨收集《三朝要典》成书以及原版,加以销毁。时为崇祯元年五月,魏忠贤死后半年。

 魏忠贤死于思宗接位以后的第三个月,当时弹章纷飞,思宗都一概未发。以后有嘉兴贡生钱嘉征劾魏忠贤十大罪:一、并帝;二、蔑后;三、弄兵;四、无二祖列宗;五、克削藩封;六、无圣;七、滥爵;八、掩过功;九、朘民;十、通关节。思宗看局面已经稳定,可以动手了,于是把魏忠贤找了来,叫一个识字的太监把钱嘉征的奏疏念给他听。

 由太监念奏疏,是明朝皇帝处理政务的一种特殊方式。清朝皇帝,凡有奏章,都是亲自阅看,降旨亦必出于亲裁,此即鉴于明朝政柄下移之失的有力矫正。明朝皇帝由值书房的太监念奏疏,出于两个原因:一是懒,自己不高兴看,叫太监念,像明神宗那样,可能一面躺着抽鸦片,一面听奏章;再有一个原因是看不懂,像熹宗那样。不看而听,必生流弊。杨涟劾魏忠贤二十四大罪,由王体乾念奏疏,把其中要紧的话略而不念,就是一个明显的例子。