万历四十四年(公元1616),沈在署南京礼部尚书任内,得到方从哲的支持,尽逐天主教士,天主教视作“教难”沈与方从哲都是湖州人,一隶德清,一隶乌程,自少交好,所以在万历末年会推辅臣时,孔老夫子岳家的后裔当时召谏齐、楚、浙三党中齐党的首脑亓诗教,希附他老师方从哲的旨意,提名沈,神宗已内定召用,朝旨未发而崩。光宗即位,大量补用辅臣,沈为其中之一,于天启元年夏天入京。

 沈与当时的大珰有师生的关系——明朝宫内设“内书堂”教太监读书,史玄《旧京遗事》记:

 内书堂,宣德中创建,以教内臣读书,选年十岁上下者充补。始自大学士陈山为之师,今以翰林词臣教习…每学生一名,各具白蜡、手帕、龙挂香以为束之敬。所读之书,故事给《百家姓》《千字文》及《孝经》《大学》《中庸》《论语》《孟子》;写字给刷印《千家诗》《神童诗》影本。盖略取识字,不甚于悖高皇之制,垂世守焉。

 又《明史·沈传》:

 故事,词臣教习内书堂,所教内竖执弟子礼。李进忠、刘朝皆弟子。李进忠者,魏忠贤始名也。

 按:魏忠贤为沈弟子之说,似乎不实,因为魏忠贤不识字,且内书堂选十岁左右的小太监入学,而魏忠贤进宫是在成年以后。不过沈既在内书堂教过书,则与太监有特殊渊源,转相牵引,固不必一定要教过魏忠贤的书亦可与魏接纳。

 其时清太祖努尔哈赤已收服扈伦四部,取沈阳、辽阳,攻西平堡,广宁巡抚王化贞大败而逃,经略熊廷弼退入关内,京师戒严。魏忠贤借此为名,仿照武宗异想天开的“内教场”的办法,请熹宗在大内“选武阉、练火器”开“内操”沈从中附和,以为结纳。

 明武宗即民间所称的“正德皇帝”他有四分之一的瑶人血统,生性好武,是个有名的顽童,所以虽设“内教场”自己还能统驭。熹宗则不懂兵事,魏忠贤、刘朝等人“开内操”加以锦衣卫及东厂也控制在他们手里,如是一旦要造起反来,扑灭相当麻烦,因而正人君子斥附和其事的沈为“肘腋之贼”群起而攻。