贞观末年,渐受冷落有被废黜危险的太子李承乾欲发动清除父君李世民的政变,他所联络和依靠的首要人物是大将侯君集。在《酉阳杂俎》中,记载了侯君集之变的故事:

侯君集与承乾谋通逆,意不自安,忽梦二甲士录至一处,见一人高冠彭髯,叱左右:“取君集威骨来!”俄有数人操屠刀,开其脑上及右臂间,各取骨一片,状如鱼尾。因啽呓而觉,脑臂犹痛,自是心悸力耗,至不能引一钧弓。欲自首,不决而败。

侯君集与李承乾合谋后,常不自安,梦中被人提审,被从脑袋和臂上取骨各一片,状如鱼尾,及至醒来,脑臂犹疼。从自精神恍惚,连一钧重的弓都拉不开了。后欲自首,但犹豫不决,终于事败,伏诛而死。

侯君集在凌烟阁“二十四功臣”中排名第十七,他是陕西旬邑人,很早就进入了李世民的秦王府,为该集团的重要人物。侯君集生逢乱世,虽无甚文化,但天赋聪明,为人凶狠,自投李世民后,南征北战,功勋卓著,其颇有棱角的性格深为世民所爱。在玄武门之变中,侯是李世民所带的九名心腹之一。当时,李世民下决心清除作为太子的哥哥和作为齐王的弟弟,长孙无忌、杜如晦和侯君集出力最多。

李世民即帝位后,以侯君集为兵部尚书,令其掌握大唐帝国兵权。后转为吏部尚书,掌握帝国的人事,可见世民对侯的宠信。侯君集本人恃宠使性,这时候他最不服的是军事天才李靖,每耻居其下。在贞观九年即635年攻灭吐谷浑的战斗中,侯君集是作为李靖的副手出征西域的。直到贞观十四年即640年,才以总司令官的身份指挥了攻灭另一个西域古国高昌的战斗。但在攻灭高昌的战斗中,侯君集掠夺了大量财宝,入得私囊。此事为导火索,引得与之积怨的大臣的弹劾。而在此之前,已有多名大臣秘密向世民打报告,认为侯君集将来必反。

李世民与侯君集的关系值得玩味:作为帝王,李世民驾驭手下的能力自不必说,二十出头的年龄,就网络了一大批高手:长孙无忌、杜如晦、房玄龄、尉迟敬德、李靖、段志玄、程咬金、徐世勣、秦叔宝。而侯君集呢,也是颇有性格的人,矜傲放纵,这一点在凌烟阁“二十四功臣”中数一数二。也许手下的人都太老实了,所以李世民对颇有性格的侯君集非常喜欢,以至高昌事件并未深究。当然李世民不傻,他知道以侯的个性也许今后真的会闹出乱子,不过他相信:有自己在,就能镇得住他。可他没想到,被宽恕的侯君集,后来渐渐跟受冷落的太子李承乾挂上了。关于李承乾的问题,不必多说,有李世民这样强势的父亲,那么李承乾在生活空间中肯定是非常难受的,一如当年汉武帝的太子。

贞观十七年即公元643年,李世民有另立太子的意思。按照史上的说法,侯君集趁机鼓动太子发动政变,夺取帝位。事情最后失败。他们面对的毕竟是李世民,人家就是凭政变登基的,自然熟悉这一路。政变失败后,侯君集下狱。他拒绝承认罪责,被处斩时留下这样的话:“君集岂反者乎?!”据说当时李世民有意再宽恕他一次,但“群臣不许”。史上的这一记载比较可疑。在处斩那天,君臣二人都潸然泪下,也真够感人的了。李世民说:“以后,我只能到凌烟阁看你的画像了。”杀还是要杀的,在这个问题上李世民不会含糊。至于侯君集是否真的有谋反之意,则永远是一个谜了。